结核病的治疗通常使用抗生素，但由于结核分枝杆菌细胞壁成分和构造较为特殊，药物较难进入病原体中，因此难以发挥药效。目前最常用的抗生素为异烟肼（Isoniazid）及利福平（Rifampin），且通常需服药长达数月。潜伏性结核病通常可给予单一抗生素治疗，而活动性肺结核则最好同时合并使用多种抗生素治疗，以减少结核菌产生抗药性的风险。除活动性结核病患者外，潜伏性结核病患者也建议进行治疗，以避免在未来恶化为活动性结核病。结核病的治疗需要长期不间断的服药，自行中断服药或忘记服药容易导致治疗失败。因此世界卫生组织建议实施“都治计划”（DOTs），即由医疗照护人员亲自定期送药，监督患者确实服药。中华民国卫生福利部的资料显示，实施都治计划能有效降低治疗失落率，与对照组比较起来也能明显提升治疗成功率。都治计划的实施手段似乎对于治疗成果有显著影响。然而在治愈率方面，计划实施组与自主服药组并没有太大差异。
1、首次发病
截至2010年，肺结核首次发病的建议疗法是六个月的抗生素综合治疗，首两个月使用利福平、异烟肼（Isoniazid）、吡嗪酰胺（Pyrazinamide）及乙胺丁醇（Ethambutol）；最后四个月只使用利福平和异烟肼。如果对异烟肼的抗药性高，后四个月疗程可用乙胺丁醇取代之。
2、复发
如果肺结核复发，在选择治疗方法前测试细菌对哪些抗生素有敏感性很重要。如果检验出细菌对多种药物有抗药性（MDR-TB），建议使用最少四种有效的抗生素进行18到24个月的疗程。
3、抗药性
原发性抗药性肺结核发生在受具抗药性结核杆菌感染的人中。带有易受触动的结核分枝杆菌的人可能在治疗过程中因治疗不足、没有正确按医嘱服药或药物品质低劣而得到多发性肺结核。抗药性肺结核在很多发展中国家是一个严重的公共卫生议题，因为这延长疗程及需要较昂贵药物。
多重抗药性结核病（MDR-TB）的定义是结核菌同时对两种最有效的第一线药物利福平和异烟肼具抗药性。广泛耐药结核则是指同时对三种以上或六类第二线药物具抗药性。完全抗药性结核病是指对所有用作治疗的药物具抗药性。贝达喹啉（Bedaquiline）暂时受到认受作为治疗多重抗药性结核病的药物。高剂量莫西沙星配合其他抗结核病药物也被证实可以缩短病程。